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자주하는질문(FAQ)

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18 TACHYON_어플리케이션 [Charm++] Charm++을 이용한 병렬 작업 시 SGE에 charmrun 부분을 어떻게 기술해야 되나요?
● 아래와 같이 프로세스 개수와 프로세스가 돌아갈 node를 설정해 주시면 됩니다.

/charm++_installation_directory/charmrun ++nodelist $TMPDIR/machines +p4 ./program_name 
17 TACHYON_어플리케이션 [OOMMF] SGE를 사용해서 OOMMF 프로그램을 병렬 환경으로 submit 할려고 합니다. Script를 어떻게 작성해야 되나요?
● 아래 script를 참고하세요.

#!/bin/bash
#$ -V
#$ -cwd
#$ -N OOMMF_S
#$ -pe openmp 4
#$ -q long
#$ -R yes
#$ -l h_rt=168:00:00
#$ -M [email]
#$ -m e
export OOMMF_THREADS=4
/usr/bin/tclsh /[oommf directory]/oommf.tcl oxsil -thread 4 +fg -pause 0 [file]
16 TACHYON_어플리케이션 [ROMS] Tachyon 시스템에 PGI 컴파일러로 roms3.1을 설치하고 싶습니다. 어떻게 설정하고 컴파일 하나요?
● 1. makefile에서 netCDF4를 사용하지 않도록 하더라도 
Linux-pgi.mk 파일에서는 netCDF4를 사용하도록 하여야 됩니다.
2. 컴파일 과정에서 /ROMS/Bin/sfmakedepend 파일의 permmision에 +x를 주셔야 됩니다.
15 TACHYON_어플리케이션 [VASP] Tachyon 시스템에 VASP 4.6을 설치할 수 없습니다.
● Makefile을 첨부와 같이 수정하시고 다시 컴파일 하시면 됩니다.

VASP_4_6_Makefile_intel : VASP 4.6를 Intel로 컴파일할 경우
VASP_5_2_Makefile_intel : VASP 5.2를 Intel로 컴파일할 경우
VASP_5_2_Makefile_PGI : VASP 5.2를 PGI로 컴파일할 경우 
14 TACHYON_어플리케이션 [VASP] MPI(mvapich)+PGI 컴파일러로 컴파일한 VASP 5.2에서 프로그램 실행 시 메모리 할당 관련 에러가 납니다.
● ※ PGI 컴파일러 버그로 paw.F 파일을 아래와 같이 수정하셔서 다시 컴파일 하시면 작동됩니다.

1. Near line 880 
LOGICAL, EXTERNAL :: USEFOCK_CONTRIBUTION, USEFOCK_AE_ONECENTER 
REAL(q) DLM(LMDIM*LMDIM),RHOLM(LMDIM*LMDIM),RHOLM_(LMDIM*LMDIM,WDES%NCDIJ) 
!OVERLAP CTMP(LMDIM,LMDIM,MAX(2,WDES%NCDIJ)),CSO(LMDIM,LMDIM,WDES%NCDIJ), & 
! CHF(LMDIM,LMDIM,WDES%NCDIJ) 
!OVERLAP COCC(LMDIM,LMDIM,MAX(2,WDES%NCDIJ)),COCC_IM(LMDIM,LMDIM) 
OVERLAP,ALLOCATABLE:: CTMP(:,:,:),CSO(:,:,:),CHF(:,:,:) 
OVERLAP,ALLOCATABLE:: COCC(:,:,:),COCC_IM(:,:) 
REAL(q),ALLOCATABLE :: POT(:,:,:), RHO(:,:,:), POTAE(:,:,:), RHOAE(:,:,:) 

2. around Line 958 #previously had CHF(CTMP(...) 
ALLOCATE (RHOCOL( NDIM, LMMAX, NCDIJ )) 
ALLOCATE CTMP(LMDIM,LMDIM,MAX(2,WDES%NCDIJ)),CSO(LMDIM,LMDIM,WDES%NCDIJ), & 
CHF(LMDIM,LMDIM,MAX(2,WDES%NCDIJ))) 
ALLOCATE (COCC(LMDIM,LMDIM,MAX(2,WDES%NCDIJ)),COCC_IM(LMDIM,LMDIM)) 

! allocate kinetic energy density if metagga 

3. around line 1428 

E%PAWAE=DOUBLEC_AE 
E%PAWPS=DOUBLEC_PS 

DEALLOCATE (COCC,COCC_IM,CHF) 
DEALLOCATE (CTMP,CSO) 

IF (LUSE_THOMAS_FERMI) CALL POP_XC_TYPE 
CALL RELEASE_PAWFOCK 

END SUBROUTINE SET_DD_PAW 
13 TACHYON_어플리케이션 [VASP] tachyon에 mvapich+intel 조합으로 VASP 5.2을 설치하고 싶습니다. 설치 시 Makefile 옵션 설정 방법을 알고 싶습니다.
● 아래는 Makefile을 옵션들입니다.
(VASP_Q1_5.2_Makefile_intel)

FFLAGS = -I/applic/lib.intel/FFTW3/include -FR -lowercase -assume byterecl

CPP = $(CPP_) -DMPI -DHOST=\"LinuxIFC\" \
-DNGZhalf -DCACHE_SIZE=16000 -DIFC \
-Davoidalloc -DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMV

OFLAG=-O1 -m64 -static
OFLAG_HIGH = $(OFLAG)
OBJ_HIGH =
OBJ_NOOPT =
DEBUG = -FR -O0
INLINE = $(OFLAG)

BLAS= -L/applic/compilers/intel/mkl/lib/em64t -Bstatic -lmkl_intel_lp64 -lmkl_blacs_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -Bdynamic -lguide -lpthread 
LAPACK= -L/applic/compilers/intel/mkl/lib/em64t -Bstatic -lmkl_intel_lp64 -lmkl_blacs_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -Bdynamic -lguide -lpthread 
FFT3D = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o /applic/lib.intel/FFTW3/lib/libfftw3.a 
SCA= /applic/compilers/intel/mkl/lib/em64t/libmkl_scalapack_lp64.a -lmkl_blacs_lp64 
12 TACHYON_어플리케이션 [NCARG] NCARG를 테스트하기 위해 아래 예제 실행 시 샘플 그래픽을 볼 수 없습니다. $ ncargex cpex08 $ idt cpex08.ncgm
● 예제를 화면에 출력하실려면
$ ncargex -W X11 cpex08 라고 실행 하시면되고, 

- ps파일을 생성하실려면
$ ncargex -W ps cpex08 라고 실행하시면 됩니다.

- 또는 컴파일 후,
$ ncargrun ./cpex08
로 실행해도 화면으로 볼 수 있습니다.
11 TACHYON_어플리케이션 [NAMD] Tachyon 시스템에 MPI(mvapich)와 PGI 컴파일러를 사용해 NWCHEM 5.1 설치 시 환경 변수 설정 방법이 궁금합니다.
● 아래와 같습니다.

export NWCHEM_TOP=/..installation directory..
(이부분은 압축 푼 부분이 들어가면 됩니다.)
export NWCHEM_TARGET=LINUX64
export USE_MPI=y
export USE_MPIF=y
export LIBMPI=-lmpich
export MPI_LOC=/applic/mpi/mvapich/pgi
export MPI_LIB=$MPI_LOC/lib/shared
export MPI_INCLUDE=$MPI_LOC/include

위와 같이 환경설정을 해주시고

cd $NWCHEM_TOP/src
make nwchem_config NWCHEM_MODULES=all
make FC=pgf90 
10 TACHYON_어플리케이션 [NAMD] NAMD를 사용하려고 하는데 SGE의 job-script를 어떻게 설정해 줘야 하나요?
● 아래 간단한 예제를 참고하세요.
#!/bin/bash
#$ -V
#$ -cwd
#$ -N con2beq
#$ -pe mpi_fu_32
#$ -q normal
#$ -R yes
#$ -l h_rt=48:00:00
#$ -l normal
#$ -M [email]
#$ -m e
export MVAPICH2_HOME=/applic/mpi/mvapich/pgi
export MPD_BIN=$MVAPICH2_HOME/bin:$PATH
export PATH=$MVAPICH2_HOME/bin:$PATH
mpirun -np $NSLOTS -machinefile $TMDIR/machines [namd position]/namd2 [conf 파일]
9 TACHYON_어플리케이션 [NAMD] NAMD test 프로그램을 SGE를 통해 실행 시 standard outputfile에 아래와 같은 에러가 나타납니다. ---------------------------------------------- Charmrun: error on request socket-- Socket closed before recv.
● script의 charmrun 실행 부분에 아래를 추가해 주시면 됩니다.
“++remote-shell ./rsh_charm”
- rsh_charm 파일 내용 :
sed '/&$/s/ *&$//;/Exit 0/q' > tmp${JOB_ID}_$$
qrsh -V -inherit `echo $* | sed 's/-l \+\([^-][^ ]* \+\)\?//'` < tmp${JOB_ID}_$$ &
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