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자주하는질문(FAQ)

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89 TACHYON_어플리케이션 [VASP] tachyon에 mvapich+intel 조합으로 VASP 5.2을 설치하고 싶습니다. 설치 시 Makefile 옵션 설정 방법을 알고 싶습니다.
● 아래는 Makefile을 옵션들입니다.
(VASP_Q1_5.2_Makefile_intel)

FFLAGS = -I/applic/lib.intel/FFTW3/include -FR -lowercase -assume byterecl

CPP = $(CPP_) -DMPI -DHOST=\"LinuxIFC\" \
-DNGZhalf -DCACHE_SIZE=16000 -DIFC \
-Davoidalloc -DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMV

OFLAG=-O1 -m64 -static
OFLAG_HIGH = $(OFLAG)
OBJ_HIGH =
OBJ_NOOPT =
DEBUG = -FR -O0
INLINE = $(OFLAG)

BLAS= -L/applic/compilers/intel/mkl/lib/em64t -Bstatic -lmkl_intel_lp64 -lmkl_blacs_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -Bdynamic -lguide -lpthread 
LAPACK= -L/applic/compilers/intel/mkl/lib/em64t -Bstatic -lmkl_intel_lp64 -lmkl_blacs_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -Bdynamic -lguide -lpthread 
FFT3D = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o /applic/lib.intel/FFTW3/lib/libfftw3.a 
SCA= /applic/compilers/intel/mkl/lib/em64t/libmkl_scalapack_lp64.a -lmkl_blacs_lp64 
88 TACHYON_어플리케이션 [NCARG] NCARG를 테스트하기 위해 아래 예제 실행 시 샘플 그래픽을 볼 수 없습니다. $ ncargex cpex08 $ idt cpex08.ncgm
● 예제를 화면에 출력하실려면
$ ncargex -W X11 cpex08 라고 실행 하시면되고, 

- ps파일을 생성하실려면
$ ncargex -W ps cpex08 라고 실행하시면 됩니다.

- 또는 컴파일 후,
$ ncargrun ./cpex08
로 실행해도 화면으로 볼 수 있습니다.
87 TACHYON_어플리케이션 [NAMD] Tachyon 시스템에 MPI(mvapich)와 PGI 컴파일러를 사용해 NWCHEM 5.1 설치 시 환경 변수 설정 방법이 궁금합니다.
● 아래와 같습니다.

export NWCHEM_TOP=/..installation directory..
(이부분은 압축 푼 부분이 들어가면 됩니다.)
export NWCHEM_TARGET=LINUX64
export USE_MPI=y
export USE_MPIF=y
export LIBMPI=-lmpich
export MPI_LOC=/applic/mpi/mvapich/pgi
export MPI_LIB=$MPI_LOC/lib/shared
export MPI_INCLUDE=$MPI_LOC/include

위와 같이 환경설정을 해주시고

cd $NWCHEM_TOP/src
make nwchem_config NWCHEM_MODULES=all
make FC=pgf90 
86 TACHYON_어플리케이션 [NAMD] NAMD를 사용하려고 하는데 SGE의 job-script를 어떻게 설정해 줘야 하나요?
● 아래 간단한 예제를 참고하세요.
#!/bin/bash
#$ -V
#$ -cwd
#$ -N con2beq
#$ -pe mpi_fu_32
#$ -q normal
#$ -R yes
#$ -l h_rt=48:00:00
#$ -l normal
#$ -M [email]
#$ -m e
export MVAPICH2_HOME=/applic/mpi/mvapich/pgi
export MPD_BIN=$MVAPICH2_HOME/bin:$PATH
export PATH=$MVAPICH2_HOME/bin:$PATH
mpirun -np $NSLOTS -machinefile $TMDIR/machines [namd position]/namd2 [conf 파일]
85 TACHYON_어플리케이션 [NAMD] NAMD test 프로그램을 SGE를 통해 실행 시 standard outputfile에 아래와 같은 에러가 나타납니다. ---------------------------------------------- Charmrun: error on request socket-- Socket closed before recv.
● script의 charmrun 실행 부분에 아래를 추가해 주시면 됩니다.
“++remote-shell ./rsh_charm”
- rsh_charm 파일 내용 :
sed '/&$/s/ *&$//;/Exit 0/q' > tmp${JOB_ID}_$$
qrsh -V -inherit `echo $* | sed 's/-l \+\([^-][^ ]* \+\)\?//'` < tmp${JOB_ID}_$$ &
84 TACHYON_어플리케이션 [NAMD] Tachyon 시스템에 NAMD 2.5를 설치하는 방법을 알려주세요.
● ※ 아래와 같이 수정하셔서 컴파일 하시면 됩니다.
# vi Make.charm
-----------------------------------------------
# Set CHARMBASE to the top level charm directory.
CHARMBASE = /applic/charm
-----------------------------------------------

# vi arch/Linux-amd64-MPI.arch
-----------------------------------------------
NAMD_ARCH = Linux-amd64
CHARMARCH = mpi-linux-amd64
include .rootdir/arch/Linux-amd64-pgCC.arch
CXX = mpiCC
CC = mpicc
CXXOPTS = -O3 -fPIC -DSOCKLEN_T=socklen_t #-m64 -fexpensive-optimizations -ffast-math
COPTS = -O3 -fPIC #-m64 -fexpensive-optimizations -ffast-math
-----------------------------------------------
# cp arch/Linux-i686-pgCC.arch arch/Linux-amd64-pgCC.arch
# vi arch/Linux-amd64-pgCC.arch
-----------------------------------------------
NAMD_ARCH = Linux-amd64
CHARMARCH = mpi-linux-amd64
CXX = pgCC -DSOCKLEN_T=socklen_t
CXXOPTS = -O2 -fPIC --no_exceptions -tp k8-64
CC = pgcc
COPTS = -O2 -fPIC -fast -Mvect=assoc,prefetch -tp k8-64
-----------------------------------------------
# ./config tcl fftw Linux-amd64-MPI
# cd Linux-amd64-MPI
# make
83 TACHYON_어플리케이션 [MCMP] Tachyon에 Intel 컴파일러를 사용해 MCMP 5.0 설치 시 Installation 설정 방법이 궁금합니다.
● 아래와 같습니다.
Configurable Numbered Items Current Value
-----------------------------------------------------------
1. 32 bit (off) is recommended for Sun, Linux, Windows, MacOSX

2. Plotting (menu driven) on
Graphics Library Path /usr/X11R6/lib64
Graphics Include Path /usr/X11R6/lib64/X11

3. CROSS-SECTION DATAPATH (menu driven) /usr/local/udata/mcnpxs

4. MULTIPROCESSING OPTIONS (menu driven) other

5. COMPILER OPTIONS (menu driven)
FORTRAN 90 Compiler intel
FORTRAN 90 Path 
applic/compilers/intel/fce/bin/ifort
C Compiler Path /usr/bin/gcc

6. Generate a Debuggable Version? (toggle) no

7. Test Type 2 Cross Section Data? (toggle) no
로 설정하시고 메뉴에서 "M"를 입력하여 ./config/sunstom_Linux.gcf 파일 생성 후 make 하시면 됩니다. 
82 TACHYON_어플리케이션 [GME] Tachyon에 GME 2.17를 설치 시 에러가 납니다.
● gme2gme_horint.f90, testcases_1_to_6.f90 소스 코드에서 아래 내용을 수정하면 컴파일할 수 있습니다.
#gme2gme_horint.f90 : scalar 변수의 sectioning을 없앤다.
WHERE(var (1:nvar)%dattyp(1:1) == 'I')
var_o(1:nvar)%dattyp(1:1) = 'I'
kflag(1:nvar) = 1
ENDWHERE

>>>>>>>

WHERE(var (1:nvar)%dattyp == 'I')
var_o(1:nvar)%dattyp = 'I'
kflag(1:nvar) = 1
ENDWHERE
#testcases_1_to_6.f90 : 일반적인 형태의 function 구문을 사용한다.
REAL(ireals) FUNCTION temperature(lon,lat,eta,rotation_angle)
USE artif_const_jw
IMPLICIT NONE

>>>>>>>

FUNCTION temperature(lon,lat,eta,rotation_angle)
USE artif_const_jw
IMPLICIT NONE
REAL(ireals) temperature
81 TACHYON_어플리케이션 [WRF] Tachyon에서 PGI 컴파일러를 사용해 WRF 3.0.1.1 설치 시 geogrid.exe, metgrid.exe가 생성이 안 됩니다.
● netCDF 링크 시 설정 경로가 잘 못 되었습니다. 아래와 같이 include 경로와 library 경로를 확인해 보세요.
include directory : /applic/lib.pgi/netCDF4/include
library directory : /applic/lib.pgi/netCDF4/lib 
80 TACHYON_어플리케이션 [CAM] 한 노드에 있는 cpu를 사용해서 실행은 되지만 두 노드 이상에서 실행 시 performance가 떨어집니다.
● namelist에서 mss_irt값을 0으로 설정하시면 해결 됩니다.
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